En vertu de l’art. 18 al. 1 et 2 LIFD, sont imposables tous les revenus provenant de l’exploitation d’une entreprise commerciale, industrielle, artisanale, agricole ou sylvicole, de l’exercice d’une profession libérale ou de toute autre activité lucrative indépendante. Tous les bénéfices en capital provenant de l’aliénation, de la réalisation ou de la réévaluation comptable d’éléments de la fortune commerciale font partie du produit de l’activité lucrative indépendante. Le transfert d’éléments de la fortune commerciale dans la fortune privée est assimilé à une aliénation.

Selon la jurisprudence, le moment déterminant pour le passage de la fortune commerciale dans la fortune privée selon l’art. 18 al. 2 LIFD est celui où le contribuable manifeste de manière claire et précise, expressément ou par actes concluants, vis-à-vis des autorités fiscales sa volonté de transférer l’élément dans sa fortune privée. Lorsqu’un contribuable cesse son activité lucrative indépendante et en informe les autorités fiscales, le bénéfice en capital réalisé lors du passage d’éléments de sa fortune commerciale dans sa fortune privée doit en principe être imposé, à condition que ledit contribuable n’ait pas expressément indiqué son intention d’aliéner ultérieurement ces éléments dans le cadre de la liquidation de son entreprise (aliénation différée) ou de donner celle-ci provisoirement à bail, notamment jusqu’à sa vente à un tiers ou jusqu’à son transfert à ses héritiers.

La cession de sa propre entreprise et l’affermage de l’exploitation ne présentent pas dans tous les cas le caractère d’une réalisation au sens de l’art. 18 al. 2 LIFD. D’une manière générale, l’affermage ne peut être assimilé à une réalisation que s’il apparaît, selon toutes prévisions, comme irrévocable et si la reprise de l’exploitation par son propriétaire semble exclue. Il ne doit donc pas représenter une mesure purement provisoire même pas lorsqu’une telle mesure est prévue uniquement jusqu’à ce qu’un acheteur soit trouvé pour l’affaire ou que la remise à un héritier puisse être opérée. En cas de vente à un tiers, l’aliénation fait encore partie de la conduite de l’entreprise, alors même qu’elle intervient à un moment où elle n’a plus de liens directs avec l’activité commerciale proprement dite. La liquidation peut souvent durer un certain temps, jusqu’à ce qu’une occasion favorable se présente sur le plan commercial. Il importe donc de tenir compte de toutes ces circonstances lors de l’imposition du bénéfice de liquidation.

Au vu de cette interprétation, l’imposition d’un gain de liquidation à l’occasion du transfert d’éléments commerciaux dans la fortune privée ne doit avoir lieu que s’il est établi de manière indiscutable qu’il y a effectivement liquidation, car une telle imposition peut conduire à une charge fiscale lourde pour le propriétaire sur le plan économique, en particulier dans les cas d’affermage de l’exploitation. En conséquence, les autorités fiscales font preuve de retenue dans leur appréciation, sans que cela doive toutefois tourner au désavantage du fisc si le contribuable affirme plus tard que la réalisation du gain serait déjà intervenue précédemment et n’aurait pas été imposée à temps. Il n’est pas davantage exclu qu’en cours de contrat, l’affermage prenne le caractère d’une mesure définitive et qu’il soit ainsi nécessaire d’établir un décompte final à ce moment-là. Cette jurisprudence a récemment été codifiée à l’art. 18a al. 2 LIFD, en vigueur depuis le 1er janvier 2011, qui prévoit que l’affermage d’une exploitation commerciale n’est considéré comme un transfert dans la fortune privée qu’à la demande du contribuable.

L’appartenance d’un bien à la fortune commerciale ou privée n’est pas modifiée par une dévolution successorale. Les actifs de la fortune commerciale du de cujus demeurent commerciaux auprès de ses héritiers. Ces derniers peuvent décider de les affecter à la fortune commerciale de leur propre activité indépendante ou de les conserver en leur qualité de biens commerciaux même s’ils n’exercent pas eux-mêmes une activité indépendante; ils peuvent également choisir de les transférer dans leur fortune privée par une déclaration expresse de volonté à l’adresse du fisc ou encore les aliéner. Ce n’est qu’au moment où ils décident du transfert dans la fortune privée ou de l’aliénation que le bénéfice en capital en provenant constitue un revenu imposable au sens de l’art. 18 al. 2 LIFD. Ce système d’imposition permet aux héritiers de décider du moment de l’imposition du bénéfice en capital.

(Arrêt du Tribunal fédéral 2C_728/2015 du 1er avril 2016, consid.4)