Selon l’art. 1 de la loi du 21 juin 1996 sur l’imposition des huiles minérales (Limpmin ; RS 641.61), la Confédération prélève un impôt sur les huiles minérales grevant l’huile de pétrole, les autres huiles minérales, le gaz de pétrole et les produits résultant de leur transformation ainsi que les carburants, et une surtaxe sur les huiles minérales, grevant les carburants.

Sont soumises à l’impôt la fabrication et l’extraction sur le territoire suisse des huiles minérales, et leur importation.

Selon l’art. 17 al. 3 Limpmin, “les carburants utilisés par les entreprises de transport concessionnaires de la Confédération sont exonérés de l’impôt totalement ou en partie “. L’art. 18 al. 4 Limpmin prévoit que ” le Conseil fédéral arrête la procédure de remboursement. Les montants insignifiants ne sont pas remboursés “. Sur la base de cette dernière clause, le Conseil fédéral a adopté l’ordonnance du 20 novembre 1996 sur l’imposition des huiles minérales (Oimpmin; RS 641.611), dont les art. 46 ss sont consacrés au “remboursement de l’impôt”.

L’art. 48 Oimpmin (Extinction du droit au remboursement) prévoit que les demandes de remboursement doivent être présentées dans les trois mois qui suivent la clôture annuelle des comptes ; il n’existe par ailleurs pas de droit au remboursement de l’impôt pour les marchandises ayant été consommées plus de deux ans avant la présentation de la demande. La Direction générale des douanes peut également, dans un cas d’espèce, prévoir le remboursement de l’impôt pour des marchandises consommées antérieurement si le requérant n’a pas observé le délai sans qu’il y ait eu faute de sa part ou au cas où le paiement de l’impôt constituerait pour lui une rigueur excessive.

L’impôt sur les huiles minérales perçu par la Confédération constitue un impôt de consommation spécial; son exonération n’intervenant fréquemment qu’après la perception de l’impôt, il incombe en principe au bénéficiaire de l’exonération d’en réclamer le remboursement, sous peine de péremption.

Dans un arrêt du Tribunal fédéral 2C_744/2014 du 23 mars 2016, les juges fédéraux ont rappelé de manière sèche aux Transports publics genevois que la péremption du droit au remboursement s’appliquait à leur cas :

« L’instauration de délais de péremption procédurale relativement brefs correspond en effet à une pratique administrative courante et légitime. Partant, on eût pu attendre d’un établissement de droit public autonome de la taille des TPG, qui a notamment pour mission de desservir l’ensemble du territoire cantonal genevois (cf. art. 1 et 2 de la loi cantonale du 21 novembre 1975 sur les Transports publics genevois [LTPG/GE; RS/GE H 1 55]) et est doté d’organes administratifs complexes chargés de la planification, de la surveillance et du suivi quotidien des affaires de l’entreprise (art. 9 ss LTPG/GE), qu’il s’organise de manière à respecter les conditions temporelles claires fixées dans l’Oimpmin. Au demeurant, le Conseil fédéral a prévu des situations exceptionnelles de restitution du délai de péremption (cf., à ce titre, ATF 136 II 187 consid. 6 p. 193) lorsque “le requérant n’a pas observé le délai sans qu’il y ait eu faute de sa part ou au cas où le paiement de l’impôt constituerait pour lui une rigueur excessive” (cf. art. 48 al. 3 Oimpmin). Or, il n’apparaît pas que le recourant se soit trouvé dans une telle situation exceptionnelle ou non fautive; il n’a du reste pas sollicité une dérogation de la part de la Direction générale des douanes à cet égard» (consid. 8.2).