Selon le Tribunal fédéral, lorsqu’elle est confrontée au caractère déficient de la comptabilité d’une société, l’administration fiscale peut procéder à une taxation par estimation. Il existe deux méthodes de taxation par estimation auxquelles l’administration fédérale des contributions a recours : d’une part, la méthode reconstructive, qui vise à compléter ou reconstruire une comptabilité déficiente, et, d’autre part, la méthode des chiffres d’expérience ou coefficients expérimentaux. Il appartient au contribuable de s’accommoder de l’imprécision ou de l’approximation qui résulte nécessairement d’une estimation fiscale, laquelle a elle-même été déclenchée à cause d’une tenue lacunaire de sa comptabilité (arrêt du Tribunal fédéral 2C_657/2012 du 9 octobre 2012 consid. 3 = SJ 2013 p. 446). La procédure par estimation vise à éviter que les cas où le contribuable se soustrait à son obligation de coopérer ou dans lesquels les documents comptables se révèlent incomplets, insuffisants, voire inexistants, ne se soldent par une perte d’impôt (arrêt du Tribunal fédéral 2C_82/2014 du 6 juin 2014 consid. 3.1 et les arrêts cités).

Il n’appartient pas aux autorités fiscales de rétablir la comptabilité défaillante du contribuable, même si elles peuvent ordonner des expertises aux frais du contribuable aux conditions de l’art. 123 al. 2 LIFD (arrêts du Tribunal fédéral 2C_5512012 du 16 mai 2013 consid. 3.1; 2C_669/2008 du 8 décembre 2008 consid. 7.1; ATA/756/2002 du 3 décembre 2002; RDAF 2007 II 252 consid. 4.1).

Le recours à des coefficients expérimentaux, la prise en compte de l’évolution de la fortune et le train de vie du contribuable ne sont pas limités à la procédure de taxation d’office ; ce moyen est également ouvert à l’autorité dans le cadre d’une taxation ordinaire, par exemple lorsqu’elle ne dispose pas des éléments nécessaires à former sa conviction.

L’utilisation, en matière d’impôts directs, de données d’expérience collectées par l’AFC-CH dans le cadre d’une reprise de TVA est admise par la jurisprudence (arrêts du Tribunal fédéral 2C_32/2012 et 2C_33/2012 du 22 novembre 2012 consid. 3 ; 2C_543/2012 du 12 novembre 2012 consid. 3.2 ; JTAPI/1343/2013 du 9 décembre 2013).

(ATA/218/216, consid. 6 et 7)